La MEIM nace en base al acuerdo cultural suscrito entre Italia y México en 1969 para favorecer las investigaciones de arqueólogos y etnólogos italianos en tierra mexicana. En 1972 el director del entonces Istituto di Etnologia de la Sapienza Università di Roma, Vinigi L. Grottanelli, durante un primer viaje de exploración a México, se reunió con el director del⠀Instituto Nacional de Antropología e Historia⠀Guillermo Bonfil Batalla, con la intención de dar inicio a investigaciones etnográficas en el México meridional. La dirección de la misión fue confiada a Italo Signorini, que desde 1970 enseñaba Civiltà Indigene dell’America en la universidad romana.

Las actividades de investigación se inician en 1973, bajo la guía de Italo Signorini, y se extienden hasta nuestros días, con ritmo aproximadamente anual. Después de la súbita desaparición de Signorini, en 1994, la dirección pasó a manos de Alberto Mario Cirese (1994-1996), Maria Minicuci (1996-1998) y finalmente Alessandro Lupo (desde 1998 hasta hoy). Una continuidad de acción tan prolongada, insólita en el panorama etnológico italiano, fue posible gracias al constante apoyo del Ministero degli Affari Esteri, al que se agregaron contribuciones menos regulares del Consiglio Nazionale delle Ricerche y de los ministerios de Instrucción Pública y Universidad y de la Investigación.

A comienzos de los años 70 el conocimiento antropológico de muchos de los grupos indígenas de Oaxaca (uno de los estados mexicanos de composición etno-lingüística más variada) tenía abundantes lagunas. Surge pues el interés por profundizar el estudio de los Huave o Ikoots del Istmo de Tehuantepec: una etnia que tenía entonces alrededor de 10.000 individuos, dedicados principalmente a la pesca y caracterizados por un sistema de subsistencia, instituciones sociales y rasgos culturales de considerable originalidad y de gran interés antropológico e histórico. El estudio de la sociedad y de la cultura huave cubre a lo largo de los años un espectro temático muy amplio, que incluye el sistema productivo y económico, la organización social, política y ceremonial, el parentesco, la lengua y las formas de expresión oral, la medicina, la etnociencia, la astronomía, la cosmología, la mitología, la religión y el ritual, los procesos de escolarización y de redefinición y tutela del patrimonio cultural nativo.

A partir de 1980, sin interrumpir las investigaciones entre los ikoots, se abre un segundo frente de indagación entre los Nahua o Maseual de la Sierra Norte del estado de Puebla, extrema avanzada nororiental de las gentes que en época prehispánica habían dominado el altiplano central. A diferencia de los ikoots, la documentación existente sobre el pasado de los nahuas es muy rica, lo que permite hacer comparaciones puntuales entre la situación actual y las grandes civilizaciones del pasado, examinando las transformaciones de las que actualmente son protagonistas. También entre los nahuas las investigaciones han explorado variados ámbitos temáticos, entre ellos los conocimientos y las prácticas de medicina, la tradición oral de uso ritual, la organización político-religiosa y el articulado sistema de fiestas, la música y las danzas ceremoniales. En tiempos más recientes se indagan la creciente apropiación por la población nativa de los instrumentos de definición y de afirmación identitaria, la interacción entre las instituciones gubernamentales y los depositarios del saber tradicional (sobre todo en el terreno terapéutico), la influencia de la corriente teológico-pastoral denominada Teología India en las prácticas religiosas y en la vida comunitaria, la defensa de la lengua y la cultura nativa y la preservación del territorio y de los recursos locales.

Desde 2004 las investigaciones se extienden a un tercer importante grupo etno-lingüístico, los Otomì o Yuhú  del sur de la Huasteca, que comparten concepciones y prácticas con sus vecinos totonacas, tepehuas y nahuas. En un primer momento se estudian las reivindicaciones identitarias y la radiodifusión –a través del caso de la radio comunitaria de Huayacocotla– y a continuación los saberes especializados referentes a la tutela de la salud individual y colectiva, las prácticas rituales y la delicada relación con el ecosistema de la Sierra Otomí-Tepehua. En ese contexto, también fueron objeto de particular estudio y análisis las concepciones relativas al cuerpo y al uso de los objetos rituales para instaurar un diálogo con las entidades sagradas otomíes. 

Desde 2006 la Misión extiende sus indagaciones a otras áreas de México. En el norte: en el estado de Chihuahua, encara el estudio de la relación de los tarahumaras o rarámuris con el territorio, su concepción del cosmos y la medición del tiempo; entre los yaquis o yoremes de Sonora en cambio se estudian las concepciones y las prácticas terapéuticas en un contexto de pluralismo médico. En el México central: en la parte occidental, poblada por los tarascos o purépechas (en Michoacán) se indagan las actividades ceremoniales, las representaciones y las prácticas vinculadas a la infancia en relación con el reciente fenómeno migratorio, así como las transformaciones de los saberes terapéuticos y de su empleo; entre los otomíes de Tlaxcala, las luchas en defensa de las variedades de maíz autóctono; en la llanura costera de Veracruz, la revitalización de la medicina tradicional nahua. En el sur: entre los chontales y los zapotecos o binni záa del Istmo de Tehuantepec, se investigan las formas de pluralismo médico y los usos identitarios de la medicina tradicional; entre los zoques de Chiapas las iniciativas económicas de las mujeres. Finalmente, en la vasta área sudoriental ocupada por diversos grupos de lengua maya, se estudian las prácticas y las políticas sanitarias destinadas a los indígenas (en Yucatán y Chiapas), las nuevas formas de colaboración económica practicadas por las mujeres (en Chiapas), los ritos de pasaje y las formas expresivas teatrales (en Yucatán).

Transversal a las diversas indagaciones locales es la atención de la Misión a los criterios de definición de las formas de reconocimiento indígenas y a la redefinición, recuperación y empleo del legado cultural autóctono. En las últimas décadas, en las áreas de México donde se registra una presencia consistente de población nativa, se asiste a vivaces procesos de reivindicación política, iniciativa económica, transformación social e innovación cultural. Los pueblos originarios mexicanos registran simultáneamente crecimiento demográfico y dispersión territorial, reducción del porcentaje de hablantes de las lenguas autóctonas y mayor conciencia del valor de las propias tradiciones, exposición a la presión económica de los mercados y capacidad de hacer fructificar iniciativas empresariales inéditas. Un número cada vez mayor de indígenas se dedican con éxito a la reivindicación de la dignidad, la autonomía, el bienestar, la seguridad y el mejoramiento de las condiciones de vida de sus comunidades.

Después de la digitalización de gran parte de los materiales audiovisuales y en papel reunidos y producidos en el curso de las indagaciones, tarea a la que nos dedicamos durante la pausa impuesta por la pandemia (2020-2021), la MEIM abre a las comunidades estudiadas el acceso a su archivo digital. Además de los esfuerzos por ayudar a los docentes y los protagonistas de las diversas actividades productivas, sociales y expresivas a preservar la vitalidad de la lengua y la cultura autóctonas, transformándolas y adaptándolas a las exigencias del mundo contemporáneo, los miembros de la Misión dan origen a iniciativas de museografía participativa con algunos museos de Italia y de México, con el fin de difundir el conocimiento de los aspectos más significativos de las culturas indígenas, promover la conciencia de su valor y reforzar los procesos tendientes a favorecer la autonomía, la autodeterminación, la dignidad y el bienestar de los pueblos originarios.